《笨拙忍者》的玩法非常直观，直接在需要操作的地方滑动即可，当然游戏不支持中文依然是阻碍玩家更爽快玩游戏的主要问题。每次完成任务后，游戏的底部都会有进度显示，100%后再次点击左下角的书本图标就可以领取奖励并查看新任务。

游戏的操作其实都比较简单，比如拖动小忍者的手移动一段距离，又或者在双手和脚上拴上气球等等。游戏中最精彩的地方在于各种好玩的道具，当然这也是游戏内购比较多的地方，比如使用完道具后，玩家必须修理后才能再次使用，只有内购钻石才能加快时间，或者玩家只能耐心的等待。