系统方面，飞利浦手机S316搭载了时下主流的Android操作系统，系统版本为Android4.4(注：来自官方资料显示，该机后期可升级至Android L系统版本)，界面风格以及壁纸等，与飞利浦手机I928、I908等产品相似，相比原生系统进行了微创新，融入了不少飞利浦手机的特色。

与时下不少千元级产品不同，飞利浦手机S316依然采用了传统的界面以及导航布局，而并未采用主流的一体化桌面设计，便捷性方面稍逊一筹。不过，也体现了Android系统的纯正，同时对于老Android用户而言，上手也较为容易，而且依然支持桌面文件夹管理，以及通知栏快捷方式列表实用功能。

需要指出的是，在“系统设置/情景模式”中，这款手机加入了众多音效改善项目，比如针对耳机音效改善的——“BesAudEnh”，喇叭音量助推器——BesLoudness，以及音效环绕——BesSurround。以上项目的加入，无疑为这款不足千元的手机增色不少，提升了手机的声觉体验。

同时，飞利浦手机S316还融入了“备份与恢复”等大家熟悉的功能。当然，作为一款Android智能手机，用户还可以下载安装微信、手机QQ、微博、UC浏览器、百度输入法等热门应用，以满足自身的更多应用需求，而该机都可以正常兼容。